单位可以向当地税局机关提出申请，并提供有关资料，税局机关查实后， 予以退还多缴纳的税款。如果您当地电子税务局支持可以电子税务搜退税，然后查找增值税退税模块，申请退税。政策依据：《征管法》第八条第三款规定，纳税人依法享有申请减税、免税、退税的权利。第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。第七十九条规定，当纳税人既有应退税款又有欠缴税款的，税务机关可以将应退税款和利息先抵扣欠缴税款；抵扣后有余额的，退还纳税人。

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